Hiện nay, Bảo tàng Lịch sử Quốc gia và Bảo tàng Mỹ thuật Việt Nam có phòng chuyên môn độc lập, chuyên trách về bảo quản hiện vật, là hai đơn vị đứng đầu ngành bảo tàng Việt Nam về công tác bảo quản hiện vật. Tuy nhiên việc bảo quản Bảo vật quốc gia vẫn là một thách thức ngay cả với những bảo tàng này. Các vấn đề chính có thể kể đến là: kinh phí bảo quản và hệ thống trang thiết bị chưa đạt chuẩn.[10]

Bảo vật quốc gia sau khi được công nhận phải đi liền với chế độ "bảo quản đặc biệt". Song trên thực tế, nhiều địa phương không có điều kiện tài chính và cơ sở vật chất cho việc bảo quản, gìn giữ những hiện vật vô giá này, cũng không nhận được thêm kinh phí "bảo quản đặc biệt" từ Nhà nước. Vì thế, hầu như chưa có phương án bảo quản đặc biệt với từng bảo vật quốc gia như quy định của Luật Di sản văn hóa. Trong khi đó, sau khi có hiện vật được công nhận Bảo vật quốc gia, địa phương, đơn vị đang quản lý bảo vật phải chịu thêm nhiều áp lực về việc bảo quản, bảo tồn, bảo vệ… trong khi không có kinh phí, không có nhân lực. Rất nhiều bảo vật quốc gia từ các thành phố lớn cho đến các di tích tại làng xã đều không được bảo quản và bảo vệ đúng mức, càng không có chú thích hay hướng dẫn tại nơi trưng bày. Nhiều bảo vật quốc gia được cất kĩ và khóa chặt không cho khách tham quan vì không có diện tích trưng bày và lo sợ mất cắp.[11][12]

Nhiều vụ việc xâm hại đến bảo vật quốc gia được thông tin trên báo chí, trong đó chủ yếu do trộm cắp và cả do sự thiếu hiểu biết của chính những người quản lý hiện vật như: Đầu tượng Phật chùa Ngô Xá bị mất cắp rồi sau tìm lại được[13], tượng Phật Quan Âm chùa Mễ Sở mất trộm hai lần rồi lại tìm thấy[14], bia Sùng Thiện Diên Linh chùa Long Đọi Sơn bị vệ sinh bằng cách dùng giấy ráp, bàn chải sắt đã làm sứt hết chữ[15], tranh Vườn xuân Trung Nam Bắc bị vệ sinh bằng bột chu làm bong tróc sơn[16].

Năm 2019, Ủy ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh đã ban hành quyết định công nhận 11 điểm du lịch trên địa bàn tỉnh, trong đó, có các di tích đang lưu giữ các bảo vật quốc gia. Việc công nhận các điểm du lịch này nhằm tạo điều kiện để các doanh nghiệp lữ hành chủ động trong việc lên kế hoạch xây dựng, thiết kế sản phẩm du lịch. Từ năm 2018, Tổng cục và các bảo tàng thuộc Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã triển khai thử nghiệm các tour du lịch như gắn liền với các di sản và bảo vật quốc gia. Đây là những hành động cụ thể đầu tiên trong việc phát huy giá trị bảo vật quốc gia đến công chúng và khách du lịch. Tuy nhiên còn rất nhiều vấn đề liên quan đến bảo vật quốc gia vể cả pháp luật và quản lý văn hóa cần phải xử lý.[17]